仍在普速线运行的“D”打头的动车组列车有13对。分别为：南京-温州1对、南京-杭州1对、上海-徐州1对、上海-北京南3对、南京-北京南1对、上海-青岛1对、上海-沈阳1对、上海-郑州3对，南京-汉口1对。

原有南京-上海间D5401-D5450次25对列车停开。

其它列车调整情况：原西安-扬州的K59/K60次，泰州-汉口的K381/K382次，改线运行，南京站不再停靠；池州-上海间的T7777/T7778次，改由池州-南京西间运行。另有41对列车在南京站停靠时间发生变化。